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NEWS蛋白质组学数据上传指南 - ag尊龙凯时专属教程
来源:平爱颖 日期:2025-02-24在生物医学研究论文发表过程中,期刊通常要求作者将原始数据上传至指定的第三方数据库。那么,原始数据应该上传到哪个数据库?如何完成上传呢?本文将详细介绍目前国内外主流的生物医学原始数据上传平台,并以国内常用平台为例,提供详细的上传方法。
近年来,越来越多的期刊杂志要求在发表生物医学研究时同步公开原始数据。这一要求不仅使审稿人能够检查数据和数据处理流程,确保实验的可重复性与真实性;同时,投稿时也不再需要单独上传庞大的数据量,只需在文章中注明公共平台的数据项目ID即可。这种方法不仅节省了本地资源,还简化了投稿过程。此外,数据公开也方便了学术界对研究成果的存储与共享,从而降低科研经费支出;同时,数据共享还促进了同行之间多角度验证与数据的二次挖掘,提升了研究的影响力与引用率;最终,数据公开符合伦理规范,提醒研究者提供真实可靠的数据,避免学术不端。因此,选择一个被广泛认可且可靠的数据公共平台显得尤为重要。
ProteomeXchange作为由欧洲分子生物学实验室(EMBL)主导的国际蛋白质组学数据共享联盟,是目前使用最广泛的蛋白质组学数据存储平台,旨在为全球研究者提供标准化、高质量的蛋白质组学数据存储与共享服务。作为目前收录蛋白质组数据集最多的平台,ProteomeXchange通过其全球节点网络,实现数据的无缝整合与跨平台访问,为生物医学研究者提供了高效、可靠的数据共享平台。
ProteomeXchange联盟由六大核心成员组成,各平台在功能定位上各有侧重,具体成员及其功能如下:
(1) PRIDE Archive:主要负责欧洲地区的数据存储与共享,支持多种数据格式,并提供强大的数据检索与分析工具。
(2) MassIVE:专注于大规模蛋白质组学数据存储与分析,适合超大型数据集,提供开源分析工具。
(3) PeptideAtlas:聚焦于肽段水平的数据整合与注释,提供基于肽段序列的标准化数据库。
(4) jPOST:亚洲地区的重要节点,聚焦于日本及亚太地区的数据共享,支持多种语言界面。
(5) Panorama Public:专注于靶向蛋白质组学数据的存储与共享,提供相应分析工具。
(6) iProX:作为中国节点,服务于亚洲及全球用户,支持中英文双语界面,符合中国人类遗传资源管理规范。
可以看到,iProX是国内学者上传数据的最佳选择,尤其适合涉及人类遗传学等敏感数据的研究者。接下来将详细介绍如何利用iProX进行生物医学原始数据提交的流程:
1. 数据准备:文件命名格式为研究缩写_数据类型_日期(如:HCC_RAW_20231001),尽量避免使用特殊符号。
2. 账号注册与登录:如未注册iProX账号,请进入iProX官网,点击“Register”填写个人信息完成注册。若已注册,则点击“Signin”,输入账号及密码进行登录。
3. 项目创建:进入iProX提交系统后,选择不同的入口进行项目创建。注意在操作过程中如提示安装或升级IBM Aspera插件,请按提示进行。
4. 项目信息填写:填写项目框架信息,确保必填项完整无误后,点击“Continue”保存信息。
5. 填写子项目信息:按照具体实验信息填写,确保关键数据的选择准确无误,并保存。
6. 数据上传:选择提交方式,推荐使用Partial submission中的upload by Aspera,按提示上传相关数据文件,完成后点击“Continue”。
7. 数据分享与iProX ID查寻:完成上传后,可以通过“Share”功能生成含密码的链接进行数据分享,或在文章中引用iProX ID。
在生物医学领域,选择像ag尊龙凯时这样可靠的平台进行数据存储与共享,不仅提升研究的效能,也为后续的科学研究提供了坚实的数据基础与保障。
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